باکتری ها گیاهان تک سلولی هستند. باکتری ها با تولید یک توده سلول میکروبی جدید مواد آلی موجود در فاضلاب را متابولیزه می کنند.
باکتریهایی که می توانند بیشترین مقدار ممکن از مواد آلی را متابولیزه کنند غالب هستند. در حالی که بیشتر باکتری ها در سیستم های تصفیه فاضلاب از مواد آلی برای متابولیسم استفاده می کنند گروه مهمی از باکتری ها وجود دارند که از ترکیبات غیر آلی برای فرآیند متابولیسم استفاده می کنند. به عنوان یک نتیجه خالص دو گروه باکتری موجود در فاضلاب برای مواد مغذی با یکدیگر رقابت نمی کنند و هر دو در یک محیط رشد می کنند. باکتری ها هر کدام حدود 10-12 گرم وزن دارند.
فاضلاب منظم شهری حاوی 105 تا 107 باکتری در میلی لیتر است. باکتری ها از مواد غذایی محلول برای تولید مثل با شکافت دودویی استفاده می کنند. قطر آن حدود 0.5 تا 1.0 میکرون است.
شکل آن به سه کلاس تقسیم می شود:
کروی (کوکسی)
استوانه ای (باسیل) و
مارپیچ (مارپیچ) ؛ مارپیچ ها ممکن است 15 میکرون طول داشته باشند.
از نظر متابولیکی بیشتر باکتری های موجود در فاضلاب هتروتروف هستند. اشکال اتوتروفیک با اکسید کردن بسترهای غیر آلی مانند آمونیاک آهن و گوگرد انرژی به دست می آورند. چند باکتری فوتوتروفیک نیز وجود دارد. بسته به واکنش متابولیسم آلی باکتریها ممکن است بی هوازی یا اختلال باشند.
پروتوزوآ: پروتوزوآ حیوانات تک سلولی هستند که روی باکتری ها و جلبک های کوچک زندگی می کنند که به حذف باکتری ها و جلبک های پراکنده از سیستم کمک می کند.
بزرگتر از باکتریهای موجود در فاضلاب است. چهار گروه اصلی شناسایی شده است:
مستیگوفورا درماتوفیت ها معمولاً انگلی هستند و بعضی از آنها ممکن است باعث بیماری شوند مانند Giarida lamblia. این تک یاخته های تاژک دار جمع کننده انرژی بسیار کارآمدی نیستند و نمی توانند با اشکال بالاتر پروتوزوآ مانند پرانما بودو اویکومونا و موناها رقابت کنند.
Sarcodina با تحرک آمیب مشخص می شود و بعضی از آنها دارای تاژک هستند. انتامبا هیستولیتیکا باعث اسهال خونی می شود.
Ciliata بزرگترین و متنوع ترین گروه یا با کمک مژگان آزاد شنا می کند یا ساقه می زند به بدن جامد متصل است. تک یاخته های مژه دار آزاد شنا از کارآمدترین سلول های تک یاخته ای هستند و مقادیر زیادی از باکتری ها را در فاضلاب مانند لیونوتوس پارامسیوم کلپیدیوم اوپلوت ها آسپیدیسکوس و استیلونشیا متابولیزه می کنند. وقتی سطح انرژی سیستم کاهش می یابد پروتوزوآهای مژک شنای آزاد جای خود را به تک یاخته های مژگانی ساقه می دهند که به مولکول های گله متصل می شوند و می توانند باکتریهای اطراف را با مصرف انرژی کمتری نسبت به مریض های آزاد شنا مانند Vorticella epistlis opercularia و carchesium متابولیزه کنند. (Socotoria گروه خاصی از تک یاخته های ساقه است که به جای باکتری انگل مژکی شنای آزاد می خورند.)
اسپوروزوآها اسپورها انگلهای اجباری هستند.
انواع تک یاخته هایی که از طریق مصرف آب آشامیدنی آلوده منتقل می شوند عبارتند از:
انتامبا هیستولیتیکا (علت آمبیازیس)
Giardia spp
به ندرت Balantidium coli
این موجودات می توانند نتیجه آلودگی مدفوع انسان یا حیوانات باشند.
روشهای استاندارد برای تشخیص بدویها در دسترس نیستند. وقتی شیوع بیماری اتفاق می افتد و با آلودگی آب آشامیدنی توسط پروتوزوآ (روده بیماری زا) همراه است جوشاندن آب می تواند کنترل مثر داشته باشد. سه مورد فوق را غیرفعال می کند.